功能性消化不良的發病機制複雜，目前研究認為主要包括以下幾個方面：
1、運動功能障，運動功能障礙是FD的主要發病基礎，約40％的FD患者存在胃排空延緩。
2、內臟高敏感性。內臟高敏感性是指引起內臟疼痛或不適刺激的閾值降低、內臟對生理性刺激產生不適感或對傷害性刺激反應強烈的現象。FD患者對胃擴張刺激產生不適感的嚴重程度明顯高於健康對照者。
3、腦-腸軸與FD。腸神經系統（ENS）及腦神經系統（CNS）與FD的發生密切相關。CNS整合、翻譯上傳的感覺信息，產生內臟疼痛，影響自主神經和副交感神經的傳出，與ENS共同控制、協調消化道功能。腦-腸軸可雙向傳入，將大腦的情緒及認知中樞與外周胃腸道功能聯繫起來。
4、與精神、心理因素有關。由於FD患者腦-腸軸的調控異常，當情緒、精神狀態等作為應激因素作用於機體時，大腦的應激刺激反應可通過腦－腸軸傳達到內臟系統，引起胃腸運動與感覺異常。
目前FD的治療策略主要包括：
1、調整胃腸動力：患者餐後出現消化不良症狀，多提示患者伴有以胃排空延遲為主的胃腸動力異常，可選擇促動力劑進行治療。2009年中國醫師協會消化醫師分會組織的一項消化不良症狀問卷調查顯示，消化不良的治療藥物仍以促動力藥為主，其次是PPI和胃黏膜保護劑。在促動力藥中，選擇最多的是多潘立酮（85.92％），其次為莫沙必利及依託必利等。多潘立酮為多巴胺受體阻滯劑，主要作用為促進胃排空。
2、抑酸治療：對於表現為胃高敏感性的患者，治療時可考慮採用抑酸藥治療，常用的藥物有PPI、H2受體拮抗劑等。
3、胃黏膜保護：常用的胃黏膜保護劑有硫糖鋁、替普瑞酮、鋁碳酸鎂等。
4、根除Hp治療：FD患者是否給予根除Hp治療，目前尚存在爭議。在仔細評估患者利益和風險的情況下，可以考慮對Hp感染陽性的FD患者進行Hp根除治療。
5、抗抑鬱或焦慮治療：伴有精神、心理障礙的FD患者常處於抑鬱或焦慮狀態，可選擇抗抑鬱或抗焦慮藥物。
治療胃輕癱的常用藥物包括：止吐藥（5-HT3受體拮抗劑，多巴胺拮抗劑，抗組胺藥以及大麻素），促動力藥（多巴胺拮抗劑和5-HT4激動劑）和非麻醉性緩解疼痛藥物。對藥物無反應的胃輕癱患者的治療應集中於維持充分的水分（包括電解質，酸鹼平衡和營養），控制糖尿病患者的血糖，緩解症狀，避免影響因素（例如麻醉藥，無法控制的糖尿病），以及改善胃功能。
胃電刺激（GES）療法使用高頻、低能量的電流來刺激胃神經並緩解胃輕癱的症狀。
最後，手術干預（例如胃次全切除術，胃空腸吻合術）僅適用於對較保守治療無反應的胃輕癱患者。仔細選擇（進行手術）的患者有可能受益，並且會緩解症狀和改善生活質量。然而，必須個體化權衡這些手術的風險和益處。
