冬瓜子含油14%，其中酰甘油的含量在72%-96%之間，所含主要脂肪酸為亞油酸，油酸，硬脂酸，棕櫚酸，以及十八碳二烯酸，十八碳三烯酸等。又含脂類，內有磷脂酰膽鹼，磷脂酰已醇胺，磷脂酰絲氨酸，磷脂酰肌醇，神經鞘磷脂，腦苷脂。還含甾醇類化合物：β谷甾醇，菜油甾醇，豆甾醇，24-已基膽甾-7，25-二烯醇，24-已基膽甾，25-三烯醇，24-已基膽甾-7-烯醇，24-已基膽甾-7，22-二烯醇，24α-已基α-膽甾-8，22-二烯醇。又含三萜類化合物;粘黴烯醇，西米杜鵑醇，5，24-葫蘆二烯醇。去脂肪後的種子中含蛋白酷活力的組分以及硒、鉻等無機元素。
冬瓜子種子含皂甙0.68%、脂肪、尿素、瓜氨酸等。同屬植物Benincasa ccrifera種子的脂肪油中含亞油酸62.3%，油酸21.9%，飽和脂肪酸15.6%，種子中並分離出少量腺嘌呤，胡蘆巴鹼等。
冬瓜子含有豐富的蛋白質，脂肪，脲酶，皂苷B族維生素等。冬瓜子所含脂肪主要為不飽和脂肪酸，其中主要成分也是亞油酸，它可以降低人體血液中的膽固醇和甘油酸脂，有助於防治冠心病。
冬瓜子所含有的植物油中的亞油酸等物質，是潤澤皮膚的美容劑。不飽和脂肪酸可以使容顏紅潤光澤，皮膚細嫩柔潤，頭髮烏黑光亮。
現代營養研究發現，冬瓜子中含有皂甙、脂肪、瓜氨酸、不飽和脂肪酸、油酸等成分，這些成分可以有效地降低血液中脂肪和膽固醇含量，對防治心血管疾病有積極意義。
另外，冬瓜子還可以促進人體的免疫功能。
